尼加拉瓜湖冬季受东北信风影响，加之地形抬升，地形雨较多，另外沿岸的墨西哥湾暖流起到增湿作用，降水多。

尼加拉瓜湖雨季受赤道低压带控制，降水多，湖泊水位高；旱季受东北信风影响，降水少，湖泊水位低。