清洗比色皿是采用能溶解中和的方法来进行清洗，比如测定溶液是酸，就用弱碱溶液洗；测定溶液是碱，就用弱酸溶液洗；测定溶液是有机物质，就用有机溶剂洗，比如酒精等溶液洗。

其步骤是两手捏住比色皿后，将参比液或样品液沿着比色皿的一个角倒入废液瓶，这时不要着急将比色皿离开废液瓶，而是顺势将比色皿的倒出角贴到废液瓶上，让比色皿里面的液体全部沿着这个角流出，再用对应的清洗溶液进行清洗。