雨花石是沉积岩，雨花石形成于距今250万年至150万年之间，是地球岩浆从地壳喷出后凝固后留下孔洞，细流沿孔洞渗进岩石内部，将其中的二氧制化硅慢慢分离出来，逐渐沉积成石英、玉髓和燧石或蛋百白石的混合物。

雨花石里面的颜色和花纹其实就是逐渐分离和不断沉积成无色透明体二氧化硅过程中形成的。