蚂蚁是马陆虫蜕皮与孵化期的最大敌害。

如果马陆虫饲养池内湿度太大，在内气温高的时候，马陆虫就容易受粉螨危害，被粉螨寄生后，不但活动不便，而且马陆虫会受粉螨产生的毒素刺激不得安宁。粉螨会吸收马陆虫体内大量的营养物质，致使马陆虫身体瘦弱而死亡。马陆虫的天敌主要是鸟类和小型哺乳动物，如蜜獾、獴、浣熊等，蝎子等节肢动物也会捕食马陆虫。