本科第二批A类和B类的区别是二批A类院校为一般本科院校，而B类院校为本科院校分校或近几年国家批准从专科升为本科的院校。

总体上二本A类优于B类在同一批次院校之间，A类优于B类。每一所大学都会形成自己的优势学科和专业，都有各自的优势和特色，不能简单地以A类和B类区分一个高校的好坏与优劣。根据高考要求的录取批次的不同，本科划分为本科提前批、本科一批、本科二批和本科三批。