银子杀菌主要是是银离子的缘故，银离子可以强烈地吸引细菌体中蛋白酶上的巯基，使蛋白酶丧失活性，导致细菌死亡。

当细菌死亡后，银离子又从细菌尸体中游离出来，再与其它菌落接触，周而复始地进行上述过程。