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吉林大学化学学院的前身是吉林大学化学系，始建于1952年，由老一代化学家蔡镏生院士、唐敖庆院士、陶慰荪教授、关实之教授亲手创建。

2000年6月，吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并，组建成立了新的吉林大学。次年5月，新吉林大学进行院系整合，由来自五所大学化学学科的师生员工组成了现在的化学学院。