清洁区是指未被病原微生物污染的区域，病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，或称病原体。

病原体中，以细菌和病毒的危害性最大。某些病原体反复接触某些化学治疗药物后，其反应性不断减弱，以致最后病原体可抵抗该药而不被杀灭或抑制，这就是病原体对药物的耐受性，称为耐药性或抗药性。产生抗药性的主要原因是药物剂量不足或长期使用某种药。许多细菌和寄生虫都会发生抗药性。