红薯发黑是因为红薯破皮后，其中的酚类物质与空气接触，发生氧化反应，就会生成褐色的醌类化合物。

红薯变黑还可能是由于发霉变质而导致的，红薯中含有较多的水分及糖分，若是保存时间过长，就会滋生细菌而长霉变质，从而出现果肉发黑的情况，同时还可以看到较为明显的霉点及霉斑。