等位基因是指位于一对同源染色体相同位置上控制同一性状不同形态的基因。

不同的等位基因产生例如发色或血型等遗传特征的变化。等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应，可将等位基因区分为不同的类别。