吴茱萸常用于厥阴头痛、寒疝腹痛、寒湿脚气、经行腹痛、脘腹胀痛、呕吐吞酸、五更泄泻等症。

外用一般不会中毒，内服一般剂量不超过10g。如果不小心吴茱萸中毒，首先需要催吐，让患者把在胃里的东西催吐出来。也可以用生姜解毒，或者喝绿豆汤水解毒的方式，用黄柏芦根也可以解毒。