清代两广总督的前身为顺治元年所置的广东总督，当时总督驻广州，兼辖广西。

顺治十二年，总督府迁往梧州。康熙二年，别置广西总督，广东总督移驻廉州。次年，撤销广西总督，广西政务复归广东总督管辖，广东总督迁驻肇庆。雍正元年，重设广西总督，次年再次裁撤。雍正七年，为统一西南军事指挥权，镇压苗族起事，广西政务暂归云贵总督兼辖。雍正十二年，广西政务仍隶广东总督管辖，更号两广总督。乾隆十一年，两广总督迁驻广州。