最好采用生物工程治理蓝藻，“以菌治菌，以物治物”，通过有益微生物的新陈代谢使有机物无机化，有毒物质无害化。

在处理蓝藻过程中，有益微生物将废水中含的污染物作为营养源，吞噬和分解废物、加速代谢，使有益菌迅速生长繁殖，在水体中快速占领优势生态位，抑制有害菌的生长繁殖，从而达到降解污染物、除臭、净化水体的作用。微生物产品方面，但比较值得信赖的是三色源菌剂，含菌量高，稳定，效果明显。