标本染色主要是为了能够看清容易和周围组织混淆的部分，有些组织标本染色是为了实验手段的需要，譬如用电镜扫描的标本在喷金之后更容易看清层次，有些病理标本的染色是为了确定其性质。

某些标本在可见光中觉察不到结构细节，但经过染色处理，以紫外光照射时可因荧光作用而发射可见光，形成可见的图像。剥制的动物标本有时为了还原褪掉的颜色，偶尔也会涂色。如果不是以上的原因，标本就不需要染色，譬如绝大多数骨骼标本和干制的植物标本一般是不染色的。