开给对方公司运费的账务处理为：1、运输属于企业主营业务的，借：应收账款-公司名称，贷：主营业务收入 应交税费-应交增值税（销项税额）；2、如果运输不属于企业主营业务，借：应收账款-公司名称，贷：其他业务收入 应交税费-应交增值税（销项税额）。