企业申报苗木发票抵扣增值税，包括收集苗木发票、核对发票信息、录入发票信息、提交申报抵扣、税务局审核和保存发票等几个步骤，在申报抵扣时，也需要注意发票有效期和企业增值税纳税资格等。