巫溪县不属于万州区，在2000年7月巫溪县由重庆市直接管辖了。

所以巫溪县不属于万州区。巫溪县位于重庆市东北部，处大巴山东段南麓，是典型的山区农业县。巫溪县地处渝陕鄂三省交界，东连湖北省神农架林区、竹溪县，南接奉节县、巫山县，西临开州区、云阳县，北与城口县和陕西省镇坪县接壤。巫溪县总面积4030平方公里，户籍人口为542628人，常住人口38.53万人。