韭菜病虫害主要有韭蛆、灰霉病、疫病等。

对于韭蛆，每亩可用2%甲基阿维菌素乳油500毫升稀释成1000倍液进行灌根；对于灰霉病，可增施有机肥，适当收割，雨后要及时排水，减少田间湿度，药剂可用78%科博600倍液；对于疫病，可喷施50%灰核威1000倍液或40%菌核净2000倍液防治。