购房土地使用证的办理程序是：

1、土地登记申请人应持有关土地权属来源证明相关材料，向国土资源局提出申请；

2、对土地登记申请人的土地采取实地调查、核实等；

3、土地登记机关对土地使用者提交的土地登记申请书等进行审核；

4、颁发国有土地使用权证书。

【法律依据】根据《土地管理法实施条例》第三条，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。