分居后不给户口本的处理方式是，当事人可持原户口簿和法院的判决书或调解书到当地公安派出所办理分户或迁转手续，当地公安派出所应依据法院的判决或调解书，按照分户、立户的规定予以办理。

【法律依据】根据《户口管理条例》第三条，户口登记工作，由各级公安机关主管。城市和设有公安派出所的镇，以公安派出所管辖区为户口管辖区；乡和不设公安派出所的镇，以乡、镇管辖区为户口管辖区。