黄河干流总共有鱼类121种（亚种），干流中纯淡水鱼类有98种，占总数的78.4％。

主要经济鱼类有花斑裸鲤、极边扁咽齿鱼、厚唇裸重唇鱼、黄河裸裂尻鱼、瓦氏雅罗鱼、北方铜鱼（鸽子鱼）、鲤鱼、鲫鱼。