目的不同：自然选择是使动物更加适应自然条件；而人工选择则使家畜更有利于人类。

方向不同：自然选择有利于性能中等但适应强的个体；人工选择则有利于符合人类某些极端性能表现的个体。作用的性状不同：自然选择主要作用于适应性性状，如繁殖力，成活率等；而人工选择则主要考虑经济性状。选择的进展不同：自然选择的速度很慢，选择进展很小；而人工选择的速度很快，选择进展较大。