电镜与光镜最根本的区别在于成像方式不同。

光镜利用可见光成像，而电镜利用电子束成像。电子束的波长远小于可见光波长，因此电镜的分辨率远高于光镜。光镜的分辨率约为0.2微米，而电镜的分辨率可达0.1纳米以下。电镜的分辨率越高，就能看清越微小的物体，对微观结构的研究就越深入。