笛卡尔在生物学方面的贡献主要体现在他对动物机械论的提出，他尝试用机械原理来解释生命现象。

他认为动物是类似于机器的复杂结构体，它们的行为可以通过物质运动和力学规律来解释，而不涉及任何生命力或非物质的灵魂。他的这一思想挑战了当时普遍认为动物拥有灵魂的传统观念，并为后来生理学的发展奠定了基础。笛卡尔将人体也视为一个复杂的机械系统，试图通过解剖学和物理学原理来分析人体结构与功能之间的关系，尽管他的某些具体理论（如血液漩涡说）后来被证明是错误的，但这种将生物体视为可以科学研究的对象、采用机械模型进行解析的方法，对17世纪后自然科学特别是生理学的发展产生了深远的影响。