农村合作医疗报销需按住院的医疗机构的等级区别报销。一般病人在当地有县（区）级的医疗机构就医，剥除300元免赔额和不符合医保报销范围的自费药品后可报销75％以上，在市级医疗机构和三甲医院或医保单位认可指定的医疗机构住院治疗的病人需按规定扣除600元免赔额和不符合医保报销范围的自费药品后，医疗费用可报销55％，垮市垮省就医需先到参保地医保单位报备才能凭住院相关资料和发票到参保地医保单位报销医疗费用，同样需扣除免赔额和不符合医保报销范围的自费药后予以55％报销。