工程结算的程序应注意以下几个方面：

1、工程结算的前提是工程竣工验收合格。每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。

2、四方验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。

3、每项工程验收合格后，按合同约定及时进行工程结算，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。

4、监理负责审核结算资料的完整性，资料必须完整齐备符合竣工资料的验收要求，审核结果反馈给甲方乙方。

5、甲方的预算，原则上应该自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则可以由该公司负责审核，甲方的预算及工程人员配合完成结算工作。

6、甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。

7、双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见。

8、结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。法律依据：《建设工程价款结算暂行办法》 第十三条工程进度款结算与支付应当符合下列规定：

(一)工程进度款结算方式1、按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。

2、分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。

结算时，除了合同约定的项目和金额，还有变更单、甲方与监理签字盖章的所有变更、新增、调减的项目单据，月进度款单据、超过一定百分比比如10%的材料涨价凭证等等，都纳入工程款结算。详细流程是：

一：核对与编制好结算资料基础。

任何一个工程项目，在编制结算时都要以相关资料依为依据。因此在审核时，首先要对相关资料进行审查。

二：工程量是审核的关键。

工程量、价是工程造价的主体。运作中具有较大的弹性和隐蔽性。

审核工程量是重点，也是难点。

三：定额单价的审核不可忽视。

在一般情况下，工程的定额单价都有具体规定，编制工程结算时只要参照定额单价的明细子目直接就可以套用。然而在实际操作中，定额单价套用往往出现差错。

四：其他费用的审核坚持合情合理。其他费用，由于计算方法不同于工程量和定额单价的套用，故在审核中要根据费用的发生具体对待。法律依据：《建设工程价款结算暂行办法》第十一条工程价款结算应按合同约定办理，合同未作约定或约定不明的，发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理：

(一)国家有关法律、法规和规章制度;(二)国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定;(三)建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证，以及经发、承包人认可的其他有效文件;(四)其他可依据的材料。