不算自动离职。因为你这里也说了，是员工请假，虽然90天的假期有点长，但是只要是公司同意了的，办理了正式的请假手续，写了请假申请单，那就是代表你的休假公司是认同的，就像是女性职工的产假一样，有的人要休假六个月一样的，假期结束自己继续返回公司上班即可。

不算，不过假期没有那么长时间