从鳌江和瑞安都可上岛，但从鳌江出发更方便。鳌江港距离南麂岛较近，且班次较多，航程约50分钟。而从瑞安出发，需先乘坐大巴或自驾至三门青岩港，再搭乘轮渡前往南麂岛，航程约1小时30分钟。因此，从鳌江上岛更省时便捷。