金上京历史博物馆始建于1961年，当时称阿城县博物馆，是中国唯一以金源文化为主题的专业性展馆。

1965年改博物馆为文管所，1986年在文管所的基础上，恢复博物馆并定名为阿城县金上京历史博物馆。

1987年阿城撤县建市，投资2000万元改名为阿城市金上京历史博物馆。