牡丹江机场共执行航线12条，通航城市11座，即牡丹江—北京、牡丹江—烟台—上海、牡丹江—大连—上海、牡丹江—大连—广州、牡丹江—烟台—杭州、牡丹江—大连—济南、牡丹江—沈阳—深圳、牡丹江—大连—深圳、牡丹江—青岛、牡丹江—烟台、牡丹江—威海、牡丹江—大连—青岛。