手机号保底协议可以通过向运营商提交书面申请来取消。在申请中，需要注明取消协议的原因，并提供相关证明材料。

一般情况下，运营商会在收到申请后进行审核，确认申请合法并符合协议要求后，会与用户协商处理。如果用户与运营商达成一致，协议将被取消。需要注意的是，取消协议可能会涉及到一些违约责任和赔偿问题，因此在取消前应仔细了解协议条款和相关法律法规。