重庆市潼南县环境保护局行政上为潼南县政府组成部门，上级业务主管部门是重庆市环保局。

潼南县现为重庆市辖，副厅级县；重庆市现共有38个区县，均为市辖，区县间无隶属关系；所有区为正厅级，所有县为副厅级。