迟到一分钟扣全勤奖合理。

合法。因为迟到了，所以不能算是全勤。根据全勤奖规定违反了全勤奖规定将不予发放。全勤奖是为规范人力资源管理制度，完善内部奖惩管理规定及福利制度，提高员工的工作积极性和工作效率，促进公司管理工作而设置的一项奖惩制度。

不合理。

劳动者加班没有加班费，迟到扣钱却没有全勤奖是不合理的，劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付其加班费以及被克扣的工资。