王牌专业有土木工程、建筑和机电专业。

福建工程学院是由福建建筑高等专科学校和福建机电学校合并组建的，土木工程和建筑专业是原来福建建筑高等专科学校的主打专业，机电专业是原来福建机电学校的王牌。在福建省内，除了厦门大学和福州大学，其他大学的这三个专业都不如福建工程学院。

福建工程学院有52个本科专业