厦门到金门的自由行可以选择以下方式前往：

1. 船舶：从厦门主城的鼓浪屿码头或厦门港码头乘坐客轮前往金门。航程大约在1-1.5小时左右，根据不同的航线和班次会有所变化。在金门港口下船后，可以乘坐公交车或出租车前往目的地。

2. 飞机：若时间允许，可以选择从厦门机场乘坐航班飞往金门机场。航程大约在15-20分钟左右。金门机场距离金门主要景点较远，需要乘坐公交车或出租车前往。

请提前查询船舶或飞机的时刻表，并合理安排行程。自由行前往金门，需要办理通行证或政务大厅办理通行手续，确保携带好有效的证件。同时，了解金门的天气和旅游信息，选择合适的时间前往，以便更好地享受旅程。注意遵守相关规定和当地风俗，文明旅行。

你可以选择从厦门坐轮船去，从厦门到金门可以选择不同的船只，航程时间也不同。从厦门国际邮轮中心上船，大约需要一个多小时到大金门岛，也可以选择搭乘航班去，到金门的尚义机场。