大连站和保税区站的末班车发车时间由20时30分延至21时30分，在20时30分--21时30分之间每天双向各增加3个车次，合计6个车次，行车间隔为20分钟；开发区站和九里站的末班车发车时间由20时00延至21时，在20时00-21时之间每天双向各增加3个车次，合计6个车次，行车间隔为20分钟。

大连快轨3号线不同方向的运行时间略有差异。总的看，大概在早6点到晚7点30分之间都有车。夏季，晚上末班车还会延长一些。