如果为C类驾驶证，扣9分，直接处理违章，缴纳罚款，记分会在记分周期结束后清零。

根据《机动车驾驶证申领和使用规则》的规定：

第六十九条 机动车驾驶人在实习期内有记满12分记录的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还应当按照第六十八条第一款规定，注销其最高准驾车型驾驶资格。

c1扣了9分，你还剩3分，目前来看，你还是可以继续驾驶机动车的，没有任何影响。但是需要注意了，万一再违章一个3分的，你就不能驾驶机动车了。

你接下来把违章处理了，罚款交了，也没什么事，等你驾照周期到了，系统会把你的这9分自动补齐。没事的。