药品通关单需要去口岸所在当地药品监督管理局办理，所需材料报验单位应当填写《进口药品报验单》

（一）《进口药品注册证》

（二）报验单位的复印件；

（三）原产地证明复印件；

（四）购货合同复印件；

（五）装箱单、提运单和货运发票复印件；

（六）出厂检验报告书复印件；

（七）药品说明书及包装、标签的式样（八）国家食品药品监督管理局规定批签发的生物制品（九）本办法第十条规定情形以外的药品经其他国家或者地区转口的进口药品，需要同时提交从原产地到各转口地的全部购货合同、装箱单、提运单和货运发票等。上述各类复印件应当加盖进口单位公章。

根据我国海关目前规定，申领药品通关单需要在口岸所在药检所申请，也就是你的货物发到哪个口岸，就要在哪里申请的，比如上海口岸就是在上海市食品药品检验所申请。