1935年，复旦大学重庆校友创办重庆复旦中学。

1937年，复旦大学内迁重庆北碚夏坝，设重庆复旦中学为复旦大学附属中学。

1954年，学校更名为重庆第十二中学校。

1995年，重庆第十二中学恢复“重庆复旦中学”校名。

2004年，重庆复旦中学、重庆第五十三中学合并，成立新的重庆复旦中学。

2005年，学校成为市级重点中学。