这个需要进行良好的沟通。

拒绝甲方工程指令，的确是个难题。因为在工程建设领域，由于甲方是付款方、是强势主导的一方，按照一般的行事规则，乙方要满足甲方的要求。如果甲方的工程指令确实存在问题，想要拒绝，首先要表示接受，找理由暂缓执行。而后找合适的时机与甲方进行沟通解释，让甲方认识到指令的不合理性，不再催促执行，进而不再追究，从而达到实际拒绝指令的目的。