特殊门诊办理流程如下：

1、首次申请须在每季度最后一个月15日以前，备齐申报病种的相关病历资料，一张近期1寸免冠照片；

2、初审医院收组织本院医疗专家诊查并初步鉴定；

3、城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审；

4、经市专家委员会评审通过的，当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。