高新技术企业认定的办理流程如下：

1、注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写注册登记表（附件1），并通过网络系统上传至认定机构。认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。

2、准备并提交材料。

（1）高新技术企业认定申请书（附件2）。

（2）企业营业执照副本、税务登记证书（复印件）。

（3）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用专项审计报告。

（4）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）。

（5）技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告，省级（含计划单列市）以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。

3、组织认定。

（1）审查及认定：认定机构应依托本省的高新技术产业化监测与服务平台对申请进行审查，对符合认定条件的企业，组织专家评审，并根据专家评审意见，认定委员会审议，形成认定结论。认定过程中，对于申请材料不齐全或者不符合要求的，认定机构应当当场或者在5个工作日内一次性告知需要补正的全部内容。

（2）公示及颁发证书：认定结论经认定委员会审议通过后，由认定机构以适当方式公示，公示无异议的，由认定机构发文公告认定结果，并由认定机构颁发高新技术企业证书。