大额医疗是每年的1月份扣除的。首次缴纳在自然年限里只扣除一次大额的费用，也就是，如果11月份首次缴纳，会扣除大额，那么12月份就不会扣除了。然后到转年的1月份会扣除新的自然年大额医疗。