竣工结算审计中，甲供材料的处理需要遵循相关法规和规定，确保审计结果的公正和合法。

具体处理方式包括：对甲供材料的采购、使用、检验等环节进行审查，核实甲方提供的材料清单和发票，检查材料的质量和数量是否符合合同约定，如有问题需及时进行调整和补偿。

同时，审计人员需要保持客观、公正的态度，对甲供材料的处理结果进行严格监管和审核，确保审计结果的准确性和可信度。

工程项目由甲方采购的材料通过施工单位直接进入工程成本，减少了施工单位的物资采成本，因此在核算上可作为预付工程款的一部分或直接抵减工程结算款项。