需要

1、是的，甲供材损耗应该作为建设工程成本的一部分，需要结算总价中扣除。

2、因为甲供材料的损耗是施工过程中不可避免的，而损耗部分并没有直接转化为实际建设成果，因此需要在结算时扣除，以保证成本的准确性和项目经济的合理性。