北京地铁是按照乘车里程计价的，所以进站时刷卡是记录你的上车站，出站刷卡是计价扣费。如果出现扣费不一样，有可能是两种情况。

一是乘环形线路，两次所乘车方向不一样，途经路程不同。

二是中途有换乘，特别是多次换乘又有多种途径可选，两次的途经不同。虽然殊途同归，但路程不一样。