1、两者的产地生境不同

金丝楠生长于海拔1000到1500米的亚热带阴湿山谷山洼以及河边，其中品质最好的主要分布在中国四川邛崃、峨眉山，以及四川与云南接壤的地方。主要分布于中国四川、贵州等海拔1000-1500米的亚热带地区阴湿山谷、山洼及河旁。

沉香树高5米—10米，多生于山地雨林或半常绿季雨林中，中国沉香主要分布于广东、海南、广西、云南、福建等省区，一般生长于海拔400米以下，在海南可达海拔1000米；广东省独特的气候条件，使得这里成为了适合沉香树生长的地方，于是也有“中国沉香之乡”的美称。

2、两者的形态不同

金丝楠的原生态植物是大乔木，高达30余米，树干通直。芽鳞被灰黄色贴伏长毛。小枝通常较细，有棱或近于圆柱形，被灰黄色或灰褐色长柔毛或短柔毛。叶革质，椭圆形，少为披针形或倒披针形，长7-11(13)厘米，宽2.5-4厘米，先端渐尖，尖头直或呈镰状，基部楔形，最末端钝或尖。

沉香乔木，高5-15米，树皮暗灰色，几平滑，纤维坚韧；小枝圆柱形，具皱纹，幼时被疏柔毛，后逐渐脱落，无毛或近无毛。叶革质，圆形、椭圆形至长圆形，有时近倒卵形，长5-9厘米，宽2.8-6厘米，先端锐尖或急尖而具短尖头。

3、两者的用途不同

金丝楠有香气，纹理直而结构细密，不易变形和开裂，为建筑、高级家具等优良木材。在历史上金丝楠木专用于皇家宫殿、少数寺庙的建筑和家具。金丝楠木中的结晶体明显多于普通楠木，木材表面在阳光下金光闪闪，金丝浮现，且有淡雅幽香。

沉香的老茎受伤后所积得的树脂俗称沉香，可作香料原料；树皮纤维柔韧，色白而细致可做高级纸原料及人造棉；木质部可提取芳香油，花可制浸膏。