财税〔2016〕36号《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》附件二《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第十三项“试点前发生的业务”规定：“试点纳税人纳入营改增试点之日前发生的应税行为，因税收检查等原因需要补缴税款的，应按照营业税政策规定补缴营业税”。

还是到你单位所属的地税部门补缴营业税。