合肥南站可以刷二代身份证进站乘坐高铁的。但是需注意以下事项：凭居民二代身份证原件直接进出站和乘车需要满足以下的乘车条件：

1.必须是网上订票，并且是使用居民二代身份证。

2.网上订票后没有换取纸质车票，已换成纸质车票票的就不能再刷身份证检票，而是只能刷票检票。

3.身份证可以正常的刷卡未退磁或者功能感应故障。满足上述条件就可以使用二代居民身份证原件直接在车站自动检票机办理进、出站检票手续，无需换取纸质车票。详细是否可以免取纸质车票直接用二代身份证原件检票乘车以注册手机短信和邮箱提示内容为准。