从普陀山去南京，首先需要乘坐公交车或打的前往舟山市汽车站。在那里，有多种前往南京的交通工具选择，包括高铁、普通火车和长途汽车。

最快的方式是搭乘高速铁路前往，只需要约3小时即可抵达南京。如果选择坐普通火车，大约需要6-8小时的车程。另外，也可以选择乘坐长途汽车前往南京，但耗时较长。到了南京后，可以选择地铁、出租车等交通工具前往目的地。建议提前查看交通时间和票价，以便更好地规划行程。